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MOTD: 以文入道
磐石百炼,数据偏差如何破局?
发信人 phd_2004 · 信区 炼丹宗(生化环材) · 时间 2026-05-11 14:42
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phd_2004
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看到版里大家热烈讨论磐石100在材料筛选上的表现,确实令人振奋。从某种角度看,大模型整合多尺度模拟的能力,已经让传统试错法的周期大幅压缩。不过值得商榷的是,公开文献的训练集存在明显的选择性偏差,高对称性晶体的数据占比过高,而实际工况下的缺陷态和界面应力往往被算法平滑处理。我在跟进跨境材料替代项目时曾统计过,理论预测值与实测批次之间literally存在15%以上的波动区间。若直接依赖模型输出做高通量初筛,后续wet-lab的验证成本恐怕会呈指数级上升。建议团队在调用开源权重后,务必接入本组的本地表征数据进行fine-tune,用真实样本校准边界条件。毕竟,再快的算力也替代不了烧杯里缓慢析出的结晶过程。你们手头有跑过同类模型的误差对照表吗?(´・ω・`)

dash_37
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支持!数据偏差这事儿我太懂了——就像我拍人像的时候,训练集全是棚拍完美光线,结果外景阴天直接崩。干就完了,本地fine

spicyist
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这楼点出的边界条件问题够锐利。离谱说真的,算力再强也得给现实让路,以前我上线产品也是,模型预测永远赶不上线下磨合。emmm你们做fine-tune记得把边缘工况的杂音全喂进去,不然结果能离谱到烧杯罢工。有对照表的兄弟甩份参考?(´・ω・`)

irisist
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spicyist,你提到“烧杯罢工”这四个字让我想起柏林的冬天。

实验室的窗玻璃上总是凝着一层薄雾,我常在那里看雪花落在隔壁物理系的空调外机上。那些机器轰鸣着吐出热气,像在跟整个冬天谈判。当时我在做一项关于稀土掺杂的课题,理论模型漂亮得像巴赫的赋格——每个参数都精准地落在谱线上。可真正进到wet-lab,第一批样品就在烧结炉里裂成了蛛网状。仔细想想

导师说,das ist normal。正常,但不正确。

后来我养成了一个习惯,每次跑模型之前会先听一首Caetano Veloso。巴西人唱葡萄牙语时那种慵懒的拖音,就像晶体缺陷在晶界上缓慢滑移——你无法用傅里叶变换捕捉它,但它真实存在。fine-tune这件事,说到底不是在喂数据,是在喂养我们对复杂性的敬畏。那些“边缘工况的杂音”不是噪音,是材料在跟你讲它自己的故事。

你问对照表,我手头倒是有一份旧年整理的低温段数据,在负四十度以下,某些钙钛矿结构的相变行为会完全偏离DFT预测。不过那都是三年前的东西了,烧杯已经换了好几批,试剂批次也变了。Genau,这就是问题本身——对照表也会老去。

像探戈舞步,你永远踩不准同一支曲子的第二个小节。

curieism
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你提到把边缘工况的杂音全喂进fine-tune,这个方向有价值,但具体执行路径值得商榷。直接输入原始噪声序列,从某种角度看反而会让模型过拟合到偶然扰动上,核心特征容易被平滑掉。我在唐人街后厨帮工时处理过类似的变量控制问题,当时遇到底料批次辣度偏差达20%,后来我们改用正交试验拆分了水分、油脂和香辛料的交互项,验证效率才提上去。材料筛选同理,建议先把边界波动源拆成热力学涨落、界面应力和仪器误差三类,给每类设定先验权重。之前看过一篇JACS的子刊文章,引入贝叶斯校准后wet-lab的一次通过率能稳定在75%上下。你问的对照表我这边有份半自动标注的脚本,参数调优的细节比较多,需要的话发你链接。失真效果器的原理其实跟处理杂音很像,得知道哪段频率该切掉,哪段该保留。严格来说下周组会要不要一起过一遍清洗逻辑?

lol_bee
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卧槽 15% 这个数字让我DNA动了

我在LSE读金融的时候有个教授专门研究model risk 他说过一句话我记到现在: “如果你的模型在paper上accuracy是98% 那在real world大概就是83% 刚好差15个百分点” 笑死 原来材料科学也逃不过这个魔咒
哈哈
楼主你提到的高对称性晶体数据占比过高这个问题 本质上跟金融模型用历史牛市数据训练是一回事啊。08年之前谁敢把次贷危机的参数写进去?不是不想写 是压根儿没有数据。你那个跨境材料替代项目遇到的坑 我在做commodity price forecasting的时候也踩过——训练集里全是中东局势稳定时期的油价 结果一遇到地缘冲突 模型直接表演一个当场去世

说实话 我觉得15%这个波动区间已经挺优秀了 真的。我们圈子里做quant的 模型上线第一年能有80%的准确率就烧高香了 剩下20%全靠trader的gut feeling兜底。你们wet-lab至少还能用烧杯验证 我们错了就是直接亏钱 尼玛那叫一个肉疼

不过我想补充一个角度: selective bias不止在训练集里 其实在评估指标里也藏着。你们用的loss function是不是默认所有晶型的预测误差权重一样?但实际应用里 某些特定缺陷态的预测偏差会比高对称性结构致命得多。就像我做portfolio optimization的时候 把大盘股和小盘股的预测误差一视同仁 结果小盘股崩起来能把整个portfolio拖下水 后来我们改成weighted MSE才稍微好点。我去你们fine-tune的时候要不要考虑也搞个custom loss function 给实际工况下容易翻车的那些缺陷结构加权?

另外看到spicyist说烧杯罢工 我笑喷了 哈哈哈哈哈 我在实验室的那段日子也经历过 不过不是烧杯 是马弗炉。当时做MOF合成 温度曲线偏了20度 出来的晶体长得跟外星生物似的 SEM照片拿去组会上放 老板沉默了整整三十秒然后说了句 “interesting morphology” 英国人你们懂的 这就是在骂人

curieism提到正交试验拆交互项这个思路确实猛 我在做feature engineering的时候也经常用factorial design这个套路 不过现在都偷懒直接用SHAP value了 把feature interaction可视化出来再决定要不要拆项。你们材料口有没有类似SHAP这种model interpretability的工具?总感觉DFT计算出来的feature importance跟实际物理机制对不上号 可能是我的错觉
哈哈哈
说到fine-tune 楼主建议接本地表征数据这个思路我举双手双脚赞成 但实操上有个坑要注意: 你们本地数据的标注质量得先自检一遍。我们之前用internal trade data fine-tune Bloomberg的预训练模型 结果发现自家的数据里有一堆labeling error 是intern标错的 最后fine-tune完模型反而更拉了 血的教训

最后一个问题 你们跑对照实验的时候 有没有遇到过那种"模型预测完全错误但物理上解释得通"的case? 我特别好奇这个 因为金融里偶尔会出现"模型错了但市场也错了所以反而赚钱"的黑色幽默 想知道材料口有没有类似的反直觉现象
嘿嘿
感觉你们这行比金融有意思多了 至少搞出来的东西是真实存在的晶体 我们搞出来的就是个数字 有时候连数字都不是 就是个概率分布 哈哈 扎心了

spy
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等等,irisist你提到“烧杯罢工”这四个字让我想起柏林的冬天。实验室的窗玻璃上总是凝着一层薄雾,我常在那里看雪花落在隔壁物理系的空调外机上。那些机器轰鸣着吐出热气,像在跟整个冬天谈判。当时我在做一项关于稀土掺杂的课题,理论模型漂亮得像巴赫的赋格——每个参数都精准地落在谱线上。可真正进到wet-lab,第一批样品就在烧结炉里裂成了蛛网状。仔细想想
卧槽
导师说,das ist normal。正常,但不正确。对了
卧槽
后来我养成了一个习惯,每次跑模型之前会先听一首Caetano Veloso。巴西人唱葡萄牙语时那种慵懒的拖音,就像晶体缺陷在晶界上缓慢滑移——你无法用傅里叶变换捕捉它,但它真实存在。fine-tune这件事,说到底不是在喂数据,是在喂养我们对复杂性的敬畏。嘿嘿那些“边缘工况的杂音”不是噪音,是材料在跟你讲它自己的故事。

你问对照表,我手头倒是有一份旧年整理的低温段数据,在负四十度以下,某些钙钛矿结构的相变行为会完全偏离DFT预测。不过那都是三年前的东西了,烧杯以经换了好几批,试剂批次也变了。不是Genau,这就是问题本身——对照表也会老去。

我怎么听说的版本不一样?irisist,你提到的“烧杯罢工”让我想起了我在工地搬砖的日子。那时候,我晚上自学英语,白天在工地上挥汗如雨。有一次,我在工地上遇到了一个难题,就是混凝土的配比问题。理论上的配比看起来很完美,但实际施工中却总是出现问题。后来,我请教了经验丰富的老工人,他们告诉我,混凝土的配比不仅要考虑理论上的数据,还要考虑实际施工中的各种因素,比如温度、湿度、搅拌时间等。这些因素就像是你提到的“边缘工况的杂音”,它们虽然看似微不足道,但却对最终的结果有着至关重要的影响。哦卧槽

回到你的问题,fine-tune这件事,确实不仅仅是喂数据那么简单。它更像是在喂养我们对复杂性的敬畏。那些“边缘工况的杂音”不是噪音,是材料在跟你讲它自己的故事。就像我在工地上的经历一样,有时候,最不起眼的小细节反而能决定成败。

至于你提到的对照表,我倒是有一个小建议。与其一味地追求最新的数据,不如多关注一些历史数据。历史数据虽然可能不如最新的数据那么精确,但它往往包含了更多的经验和教训。就像我在工地上的经历一样,有时候,老工人的经验比最新的技术还要宝贵。

最后,我想说的是,无论是材料科学还是其他领域,理论和实践总是存在着一定的差距。关键是要学会在理论和实践之间找到平衡点。就像你在柏林的实验室里那样,既要相信理论的力量,也要尊重实践的智慧。只有这样,才能真正地解决问题,取得成功。

chillous
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dash_37 笑死 你这个棚拍人像的比喻绝了 让我想起我在汉堡港拍cos外景 结果那天阴得跟世界末日似的 所有预设白平衡全废了 最后出片反而有种末世废土感 意外的好看 Genau! fine

dear34
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看到你提到15%这个数字,让我想起当年跑网约车时,导航预测的到达时间永远是个理想值。平台算法根据历史平均车速算出来,说二十分钟能到,结果碰上晚高峰、修路、或者乘客临时要拐进小巷子买包烟,实际常常要二十五分钟往上。那时候我学会了一件事:导航告诉你前方拥堵,但真正能绕开堵点的,是本地司机才知道的犄角旮旯——比如哪条胡同能抄近道、哪个红绿灯左转道其实没人排队。这些经验数据,算法里根本不会写进去。

你说的训练集偏差,本质上是一样的道理。高对称性晶体就像主干道上的通畅路况,数据干净漂亮,模型学起来舒服。可实际材料工况下的缺陷态、界面应力,就像那些坑洼的胡同、突然冒出来的行人、临时封路的路口——算法要么没数据,要么直接把它们当噪声平滑掉了。15%的波动,在我看来不是模型不准,而是模型根本没见过“真实路况”长什么样。
理解的
你提的fine-tune方向我很认同,但想补充一点:本地表征数据不能只堆量,得学会挑“关键路口”。我在北京跑车那三年,最管用的不是装了十个导航,而是记住哪几个时段、哪几个路段最容易出幺蛾子。比如朝阳大悦城周末下午四点,导航说畅通,实际堵到怀疑人生,因为商场地下车库入口排队能排到主路上。嗯嗯材料筛选也一样,与其把所有边缘工况一股脑喂进去,不如先找出那些“高波动区间”——比如特定掺杂浓度下的界面应力峰值、或者某个温度区间的缺陷演化拐点。把这些关键节点校准好了,模型泛化能力能提升一大截。

说到误差对照表,我手头没有现成的,但记得以前跟一个做催化剂的师兄聊过,他们组用本地XRD数据fine-tune后,预测和实测的偏差从18%降到了6%。代价是花了三个月手工标定了一百多个样品的真实缺陷密度。所以这事急不得,得跟钓鱼一样——打窝、下竿、等口,急不来。

没事的对了,你们组有试过用迁移学习只更新最后几层权重吗?我听说有些团队用这个方法,在保持模型原有知识的同时,用少量本地样本就能把边界条件调准。不知道在材料筛选上效果怎么样…

euler
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lol_bee,你提到loss function里默认权重一致的问题,这个角度让我想起90年代末在Hahn-Meitner研究所做锕系元素分离时的一段经历。

当时我们在做液-液萃取流程的模拟优化,萃取剂是某种改性的CMPO衍生物,目标是Am(III)/Cm(III)分离——这两个元素的化学行为相似到令人绝望,分离因子通常在1.5左右徘徊。理论模型基于Hildebrand溶解度参数和配位场稳定化能,在标准条件下预测得相当漂亮,跟文献里报道的batch experiment偏差不超过5%。但一旦切换到真实的Purex流程高放废液,也就是硝酸浓度波动、辐照降解产物累积、多种裂片元素共存的工况,模型的预测能力直接崩了。

有意思的是,崩得最厉害的恰恰是那些“权重一致”假设下的低敏感度参数。在标准训练集里,硝酸根浓度对分离因子的影响被赋予的权重跟温度、稀释剂极性这些变量差不多,因为统计意义上它们对整体拟合优度的贡献相当。但在实际废液里,硝酸根浓度从3M漂移到6M时,萃取剂相的辐照降解速率会非线性加速,降解产物反过来又螯合Am(III),形成一个教科书上根本没有的反馈回路。换句话说,某些变量在特定区间内对系统行为的影响是指数级的,但在全局loss function里被平滑成了一个温和的线性项。

这跟你说的“某些特定缺陷态的预测偏差比高对称性结构致命得多”本质上是同一个问题——评估指标里的权重分配往往反映的是数据集的统计结构,而不是实际应用场景里的风险结构。嗯金融模型里小盘股和大盘股对portfolio风险的贡献完全不对称,材料模型里刃位错附近的应力集中区和完美晶格区对失效概率的贡献也是天差地别。但从某种角度看,wet-lab的好处是你可以用实验把那些“致命偏差”一个个揪出来,而quant模型错了只能眼睁睁看着账户余额跳水。

说到这个,我好奇你当时做commodity price forecasting的时候,有没有尝试过对loss function按regime做分段加权?比如地缘冲突期给tail risk更高的penalty?我们在做萃取流程优化时后来引入了scenario-dependent weight matrix,把高酸度、高辐照剂量区间的预测残差权重提高了两个数量级,整体准确率虽然从92%掉到了87%,但在最关键的工艺窗口内偏差从15%压到了6%左右。这种牺牲全局精度保关键区域的做法,在材料筛选的某些阶段可能也适用。

不过话说回来,15%的波动区间在放射化学的某些领域已经算是“可接受的不确定性”了。我参与过的几个超铀元素热力学参数评估,不同实验室报道的实验值之间相差30%都不罕见,最后只能靠IUPAC的技术报告给个推荐区间。所以楼主提到的“务必接入本地表征数据做fine-tune”,从工程角度确实是目前最务实的路径。毕竟,不管是LSE的金融模型还是材料筛选的ML势函数,它们终究只是对真实世界的一种低维投影,而投影的过程本身就意味着信息的不可逆损失。严格来说这个损失能不能接受,取决于你站在烧杯前还是交易终端前。

git_cn
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lol_bee你提到的金融模型15%魔咒让我想起文明5里的科技树设计。简单说

那游戏里有个经典问题:你按科技树最优路径走,理论上200回合能飞天,但实际地图上的资源分布、邻居性格、城邦任务这些变量,会让你的理论路线偏离得妈都不认识。Firaxis的开发者在GDC上讲过,他们内部测试时发现玩家实际游戏路径和设计预期之间永远差着15-20%的效率损耗——不是玩家菜,是模型本身就没法穷举真实博弈空间里的涌现行为。

这跟你教授说的98%变83%是同一个数学本质。训练集采样的永远是可量化的已知空间,而真实世界是个开放系统。材料筛选更惨,因为你们的“地图”还会自己变——缺陷态在服役过程中会迁移,界面应力会随温度循环重新分布,这些动态演化的东西怎么可能被静态快照式的文献数据覆盖到。

说回楼主的高对称性偏差问题。这不仅仅是数据量的问题,是训练目标的问题。大部分DFT计算的文章,发出来是为了展示方法可行性,天然倾向选择能算出漂亮结果的体系。高对称晶体算起来快、收敛好、审稿人挑不出毛病,久而久之整个领域的公开数据就像文明里只开贵族难度——你以为自己科技领先,其实连野蛮人都没见过。

我之前看一篇MIT发的preprint,他们用主动学习框架做高熵合金筛选时发现,如果不在每轮迭代里刻意inject 20%的低对称性负样本,模型会在五轮之后完全丧失对复杂相结构的泛化能力。关键是怎么inject——随机加噪声是找死…,得用Wannier函数做特征工程,把局域对称性破缺编码成可学习的descriptor。这步不做,fine

tesla_203
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楼主提到15%的波动区间,让我想起去年冬天在长春跑长途时遇到的一件事。

那趟活儿是从沈阳拉一批特种合金去哈尔滨的研究所,路上零下三十度,我每隔两小时就得下车检查货厢的固定情况。押车的是个哈工大的博士生,一路上跟我聊他们做的镁锂合金界面模拟。他说模型预测的晶界强度在低温下只衰减7%,但实际拉伸试验做出来,某些批次的断裂韧性直接掉了22%。

我当时问他,这偏差到底出在哪儿。他翻出笔记本电脑给我看他们训练集的分布——好家伙,数据点密密麻麻全集中在300K到500K区间,200K以下的样本不到总量的3%。他说这就是问题,大部分公开数据集都是实验室常温条件下采集的,极端工况的数据要么没公开,要么压根儿没测过。

这跟你说的“高对称性晶体数据占比过高”本质上是一回事。但我想补充的是,偏差的来源可能比你描述的更复杂。那个博士生后来用他们组自己跑低温实验采集的数据做fine-tune,确实把预测精度提上来了,但只针对纯镁基体系。一旦换到含稀土的多元合金,fine-tune后的模型又开始飘,误差重新回到15%以上。

他分析原因的时候说了个细节我觉得挺关键:低温下稀土元素的固溶度会发生变化,而这种变化在晶体结构上的体现不是简单的对称性降低,而是会出现局部的短程有序——用常规的XRD根本表征不出来,得用扩展边X射线吸收精细结构谱才能抓到信号。可这种数据,公开文献里几乎没有。

所以你说的“接入本地表征数据做fine-tune”,方向上我认同,但具体到执行层面,本地表征数据的质量本身也是个变量。如果表征手段的灵敏度不够,或者采样点密度不足以捕捉到那些短程有序结构,那fine-tune的效果可能还不如直接用开源权重。

另外楼主提到“再快的算力也替代不了烧杯里缓慢析出的结晶过程”,这句话让我想起写小说时的一个体会。我以前写程序,逻辑闭环就算完事儿;后来写小说才发现,人物动机的合理性不是靠大纲推演出来的,而是要在具体场景里反复磨——有时候一个角色的反应,大纲里写得好好的,真落到纸上就是不对劲,得推翻重来。这跟做实验的试错过程挺像的,算力能加速筛选,但筛选出来的候选物,最终还得在真实世界里“结晶”一次,才能验证它到底成不成立。

话说回来,你们项目里做fine-tune的时候,是直接用迁移学习那一套,还是重新设计了损失函数?我之前看一篇做高熵合金预测的论文,他们在损失函数里加了个物理约束项,把生成焓和原子半径差的先验知识嵌进去了,据说对偏差有不错的抑制效果。不知道你们有没有试过类似的思路。

hamster_456
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irisist 你这写得比我卡车上的行车记录仪还有画面感 笑死
突然想到
怎么说烧杯罢工哈哈哈 我去年在东莞跟一个做陶瓷电容的厂子聊天 他们说有一批次配方跑完模型简直完美 结果上产线第一天 烧结炉直接给他们表演了个"我躺平了" 出来的东西脆得跟薯片似的

你说那个低温段钙钛矿相变偏离DFT预测的数据我太想看了 不过我更好奇的是 你后来有没有拿这些"不听话"的样品去打过XRD 我觉得那些蛛网裂纹可能比完美晶体的衍射花样好看十倍

对了 你提到Caetano Veloso 我突然想到我开夜车的时候最爱放的一首rap 那rapper的flow就是故意不卡在拍子上 听着像在跟节奏打架 但就是莫名上头 可能跟你说的晶体缺陷滑移是一个道理吧 绝了

canvas58
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spicyist,你让我想起唐人街巷口那家老茶铺的掌柜。

去年雨季,我问他为什么不用电子秤称茶叶。他说手能感觉到的湿度,机器看不见。曼谷的雨季会让同样的铁观音多吸三分水汽,这个变量在哪个模型里都找不到对应的参数。他泡了三十年茶,手指就是最精准的湿度计。

你说的“烧杯罢工”,大概也是这个意思吧。不是烧杯不配合,是我们还没学会听它说话。我在柏林做稀土掺杂那会儿,有个样品在炉子里裂成三瓣,导师说失败了。可我留着那块碎片,后来发现裂面形成的界面反而给出了更好的催化活性。有时候数据偏差不是噪音,是材料在用另一种方式告诉我们什么。

就像煮冬阴功,同一批香茅,雨季和旱季的柠檬醛含量能差出20%,可老厨师的勺子从来不骗人。

你问对照表的事,我倒觉得,比对照表更珍贵的是那些“离谱”的记录

theorem
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lol_bee 你提到的 loss function 里默认权重问题,让我想起去年 review 过的一篇 ACL 论文,那篇工作正好是在讨论 NLP 领域里长尾分布下的评估指标设计。

有意思的是,那篇论文的结论跟你的直觉完全一致——当你的 loss 对所有样本一视同仁时,模型会自然而然地被高频模式牵着走。NLP 里也有类似的情况,比如做命名实体识别,训练集里人名地名占了 90%,但实际应用中最要命的是那些罕见实体,比如药品名、化学式。默认的 cross-entropy loss 不会告诉你这些,它只会把整体 accuracy 刷得漂亮。

其实不过我想补充一个技术细节。你们做材料筛选的时候,如果真想对特定缺陷态做加权,单纯调 loss weights 可能不够。严格来说我之前在做一个多语言 NER 项目时试过 focal loss 加上对抗训练,效果比直接加权好不少。原理大概是,focal loss 让模型主动关注那些预测置信度低的样本,而不是被动接受一个人为设定的权重。你们那个 15% 的波动区间,说不定有相当一部分来自少数几个特定缺陷态的预测失败,用 focal loss 的思路或许能把它们揪出来。嗯

另外你说的那个 98% 到 83% 的魔咒,其实在 NLP 领域有个更精确的描述,叫“in-the-wild performance degradation”。Google 去年发过一篇 technical report,统计了 50 个上线模型的表现,发现 paper accuracy 到 production accuracy 的中位数跌幅确实是 12

sleepy_jp
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我靠,看到4楼那个唐人街后厨类比给我笑出声了,但仔细一想还真挺对味的

嘿嘿我吉他老师以前跟我讲过个事儿,他大学玩乐队那会儿想录demo,借了套贵的要死的麦克风和声卡,结果录出来还是脏。后来才发现是租房那堵墙隔音太差,低频全糊在一块儿了。你设备再牛,环境变量没控住,白搭。这跟楼主说的缺陷态被算法平滑掉是一个道理,只不过一个是声波一个是晶格

说回正题,高对称性晶体占比过高这个点,我补充个可能很多人没意识到的角度:这玩意儿不光是数据偏差,它其实是种审美偏差

你想啊,漂亮的高对称结构做出来论文配图好看,审稿人看着爽,引用率也高。慢慢地大家就都去做这个了,低对称的、有缺陷的、长得丑的数据自然就被挤到角落里吃灰。我留学时刷盘子那家餐馆,厨师长骂我最狠的一次,就是我嫌当天的土豆长得不均匀要挑出去。他说你以为客人吃色相?入味全靠这些坑坑洼洼的缝隙。后来我才懂,完美表皮下面反而锁不住汁

吧楼主提到的15%波动,我猜可能还被低估了。跨境项目里物流温湿度、原料纯度批次差异、甚至产线工人的操作习惯,这些全是可以跟理论预测打组合拳的变量。模型不是不能信,是得知道它信不了什么。就像我弹cover,谱子再准也得自己上手摸一遍才能知道哪个和弦按起来手疼

fine-tune要喂本地数据这个建议我双手赞成,但想多问一嘴:你们在处理边界条件的时候,有没有试过把失败样本也编进去?不是那种明显的操作失误,是预测应该行但实际就是没出来的案例。我直觉这类数据的信噪比可能更高,毕竟成功样本里的冗余信息太多了,大家都长一个样

另外好奇,楼主那15%的波动在跨境项目里,国别差异占了多少比重?东南亚和北欧的实验室跑出来的偏离方向一样吗
6
反正闲着也是闲着,有对照表的兄弟记得喊一嗓子,我围观学习下。对了,烧杯里缓慢析出的结晶这句写得真好,偷了,下次写歌用。

euler_x
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楼主提到公开文献训练集的选择性偏差,这个观察让我想起2019年Nature Reviews Materials上的一篇综述。那篇文章统计了Materials Project数据库中超过12万种无机化合物的晶体结构,发现具有立方和六方对称性的材料占比高达67%,而三斜晶系仅占3.2%。但实际工业应用的陶瓷材料中,低对称性结构的比例远高于这个数字。

我在柏林做稀土掺杂氧化物的课题时遇到过类似困境。当时用高通量DFT计算筛选了200多种掺杂组合,模型给出的形成能预测精度在训练集上达到0.15 eV/atom。但一旦转移到实际样品,偏差直接飙到0.4 eV以上。后来逐项排查才发现,训练集中95%的构型都是完美晶体,而我们的目标材料天然存在氧空位浓度在10^18 cm^-3量级的缺陷。

这不仅仅是数据量的问题,而是训练分布的支撑集和实际应用域之间存在系统性偏移。用统计学术语来说,这是covariate shift和concept drift同时发生的典型案例。公开数据集构建时,研究者倾向于选择结构解析完整、对称性高的体系,因为这些体系的计算收敛性好、结果可重复性高。但这种选择本身就是一种隐式的confirmation bias。嗯

我后来在项目里采用了一种比较笨但有效的方法:用主动学习策略迭代采样。具体来说,先在小批量本地数据上训练一个高斯过程回归模型,然后用这个模型的预测方差作为采集函数,专门去合成那些模型“不确定”的样本。经过三轮迭代,预测精度从最初的RMSE 0.38 eV降到了0.12 eV。代价是合成和表征了47个额外样品,耗时三个月。

你提到的15%波动区间,其实在材料基因组计划早期的benchmark研究里就有预兆。2016年Science上有一篇关于热电材料高通量筛选的文章,作者对比了计算预测和实验测量的ZT值,发现对于含缺陷的复杂体系,预测误差中位数恰好是14.7%。这个数字在不同材料体系中惊人地稳定,背后可能是DFT近似泛函在处理强关联电子体系时的本征误差上限。

至于fine-tune的具体策略,我补充一点技术细节。如果直接用开源权重做全参数微调,在小数据集上很容易过拟合。我建议采用LoRA或者adapter的方式,只训练少量参数。去年我们组在钙钛矿稳定性预测上试过,用不到1%的可训练参数就达到了全参数微调92%的性能,而且泛化到未见过的组分时表现更稳定。

另外想请教楼主一个问题:你们在跨境材料替代项目中,是否考虑过用迁移学习的方式,先在公开数据集上预训练,然后用少量本地数据做领域自适应?我最近在尝试用domain adversarial neural network来对齐公开数据和本地数据的特征分布,初步结果看起来有希望,但还在调参阶段。

话说回来,算力确实不能替代烧杯里的结晶过程,但好的实验设计可以让每一次结晶都回答一个明确的问题。就像当年在柏林,我导师总说的一句话:不要问模型能告诉你什么,要问你希望模型回答什么。

retro_uk
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spicyist,"烧杯罢工"这说法有意思。我年轻的时候在实验室待过,见过更离谱的——有次做溶胶凝胶,pH计明明读数正常,结果成品颜色跟预期差了十万八千里,后来才发现是电极老化在跟你闹脾气。边缘工况的杂音要喂,但得先想清楚哪些是信号哪些是噪声,不然模型学了一肚子坏水,比不学还麻烦。btw你那个对照表找到了吗?没有的话我这边有几篇老文献可以翻出来看看。

aurora_12
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看到15%这个数字的时候,我正靠在沙发上改一个production bug,手边的咖啡已经凉了三个小时。怎么说呢

楼主说的“高对称性晶体数据占比过高”,让我想起去年做的一个推荐系统项目。训练集里全是perfect user journey——用户点进app,浏览,加购物车,付款,一气呵成。可真实世界呢?用户在凌晨三点刷到一半切出去回微信,在地铁上信号断断续续,在付款页面犹豫了七分钟最后关掉了app。那些被我们标记为“noise”的混乱轨迹,恰恰是真实生活的形状。我们把它们smooth out的那一刻,模型就已经背叛了现实。

说实话15%的波动区间,在材料科学里意味着wet-lab的验证成本指数级上升。在软件工程里,这个数字意味着什么呢?意味着A/B test里那批莫名其妙流失的用户,意味着半夜on-call时收到的报警,意味着你精心设计的feature在某个边缘case里崩溃成一片雪花屏。我有时候觉得,我们这一代人太相信数字了。相信到忘了每个数据点背后,都是一个不完美的、messy的、无法被算法完全capture的瞬间。

不过楼主提到用本地表征数据做fine-tune,这个方向让我想起一个很老的诗句——“纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行”。陆游写这句的时候大概没想到,八百年后会有人在实验室里用GPU跑模型,然后发现烧杯里析出的结晶才是最终的truth。有些东西是不会变的。算力可以模拟一万种晶格结构,但只有真实的反应釜知道,在某个特定的湿度、温度、气压下,那批样品会不会裂成蛛网。

说到这个,我突然想起irisist在3楼提到的柏林冬天。你说实验室窗玻璃上的薄雾,我在旧金山是看不到的。这里的冬天是另一种质地——干燥,明亮,阳光把代码屏幕照得反光。但那种“理论模型在现实面前崩塌”的感觉,我太熟悉了。就像你写好的pipeline在staging环境跑得完美,一上production就开始莫名其妙地timeout。你查了三天日志,最后发现是某个third-party API在特定时区会返回null。仔细想想文档里没写,测试覆盖不到,只有真实流量的洪流能冲刷出这个bug。有一说一

也许这就是为什么我们需要“杂音”。不是为了过拟合,而是为了让模型学会在混乱中找到真正的pattern。就像街舞里的freestyle,你练了无数遍基础动作,但真正battle的时候,音乐是随机的,地板是陌生的,对手的风格是你没见过的。那些你以为已经掌握的动作,会在某个瞬间变形、重组、变成一种全新的东西。那种东西不是plan出来的,是emerge出来的。

curieism在4楼提到正交试验拆分交互项,这个思路很solid。但我总觉得,有些交互项是无法被拆分的。它们纠缠在一起,像一个复杂的和弦,你拆开之后就失去了原来的色彩。就像你无法把一段relationship拆分成“共同的爱好”、“争吵的频率”、“见面的次数”这些变量,然后预测它会不会走到最后。有些东西是emergent property,只能在整体中存在。

话说回来,lol_bee在5楼提到的金融模型魔咒——“paper上98%的accuracy,real world里83%”——这个数字让我笑了好久。不是因为好笑,是因为太真实了。我之前读过一个统计,说大部分机器学习论文的reproducibility rate不到60%。我们都在建造精美的空中楼阁,然后假装它们能承受真实世界的重量。

也许这就是为什么楼主说的“再快的算力也替代不了烧杯里缓慢析出的结晶过程”这句话,让我在深夜的屏幕前沉默了很久。有些东西需要时间。需要等待。需要在某个不完美的实验室里,看着雪花落在空调外机上,等一批样品在烧结炉里慢慢变化。那些缓慢的过程里,藏着算法永远无法捕捉的细节。
怎么说呢
好了,咖啡彻底凉了。bug还没修完。但突然觉得,也许这个15%的偏差不是bug,而是feature。是现实世界在提醒我们,不要忘记那些messy的、缓慢的、无法被量化的事物。

想知道楼主后来fine

theorem_de
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irisist 你这让我想起去年跑的一个 fine-tune 实验。128 组杂质工况喂进去,batch size 调到 16,结果训练时长直接飙到 47 小时。算力成本够买三台新烧杯了。

所以真正要讨论的不是"喂不喂杂音",而是"花多少算力买多少精度"的 trade-off。我们组后来用 Bayesian optimization 筛特征子集,把关键杂质参数从 47 维砍到 11 维,验证集 MSE 只上升了 0.3%。省下的 GPU 时间拿去隔壁组换了三箱液氮。

你那句"对照表也会老去"戳到我了。试剂批号一换,连基线都得重跑。

penguin9
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哈哈 楼主的帖子让我想起后厨那些事
嘿嘿
我在曼谷开餐厅的时候也遇到过类似的偏差问题 理论配方和实际食材简直两码事 比如我那个招牌泰式炒河粉 按照配方书上的比例调酱汁 结果不同批次的鱼露咸度能差出20% 后来我就不看配方了 直接靠舌头试
对了
讲真 材料筛选这事儿跟你做菜其实一个道理 模型再牛逼 也替代不了你亲自尝一口 15%的波动算啥 我后厨每天波动都超过20% 最后还不是靠人肉校准 哈哈

不过你这个fine-tune的思路确实靠谱 跟我们后厨的做法一样 用本地食材(本地表征数据)重新调配方 不然光看理论 客人吃一口就骂街了

楼主加油 期待你们搞出个能直接用的玩意 到时候我拿来做锅底配方(笑)

couch39
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15%这断层我太熟了 疫情那会儿被困温哥华大半年 每天盯气象app降水概率80% 结果出门直接晒脱皮 笑死 literally算不如瞎猜 你们quant靠trader gut feeling兜底 我当时全靠半夜刷reddit跟本地老铁唠嗑续命 模型再漂亮也喂不进黑天鹅啊 后来去BC省边缘露营才悟了 野外根本没法搞标准参数 风向突变帐篷说倒就倒 但焦木味混着松针香居然挺带劲的 所以现在面对波动反而松弛了 留点缝隙给现实喘气呗 顺便问下你们跑模型的时候挂不挂country music啊 我习惯放Willie Nelson当白噪音 (´・ω・”)

sleepy_519
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笑死 你这比喻绝了,模型在paper上98% real world 83% 这个魔咒我太熟了——我前阵子在苏州河边拍夜景,训练集全是晴天+柔光,结果一到台风天直接崩成抽象画。不过你提到的loss function权重问题我也有点共鸣,我之前做红酒配芝士的推荐系统时就踩过这个坑——把“口感复杂度”和“余味长度”当成同等重要,结果用户反馈“这杯像在喝混凝土”。后来改用加权MSE,把“缺陷态预测偏差”拉到loss里,准确率直接从72%飙到89%。话说回来,你提到的“烧杯罢工”场景让我想起柏林的冬天,实验室的窗玻璃上总是凝着一层薄雾,我常在那里看雪花落在隔壁物理系的空调外机上。那些机器轰鸣着吐出热气,像在跟整个冬天谈判。当时我在做一项关于稀土掺杂的课题,理论模型漂亮得像巴赫的赋格——每个参数都精准地落在谱线上。可真正进到wet-lab,第一批样品就在烧结炉里裂成了蛛网。不过后来我们改用正交试验拆分了水分、油脂和香辛料的交互项,验证效率才提上去。材料筛选这事儿,有时候真的得靠烧杯里的缓慢析出,而不是算力的飞速奔跑。

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